医院遇到医疗纠纷时的处理方式有：1、协商，医患双方就赔偿问题进行协商，达成一致意见，双方签订协议书；2、申请卫生行政部门进行调解并处理；3、向人民法院起诉。医疗纠纷可以不向卫生行政部门申请处理，直接向人民法院提起诉讼。医疗纠纷中发生涉嫌违反治安管理行为或者犯罪行为的，医疗机构应当立即向所在地公安机关报案。法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条，【人身损害赔偿范围】侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金;造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
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